Большинство водных путешествий по Байкалу начинаются из пос. Листвянка и возможны с мая по декабрь. Навигация рейсовых пассажирских судов по Байкалу начинается с 12-15 июня и заканчивается в начале сентября. Во время летней навигации можно совершить водное путешествие на рейсовом теплоходе «Баргузин» в бухту Песчаную, МРС (Сахюрта), пос. Хужир на Малом Море, пос. Усть-Баргузин. На теплоходе «Восход» - в пос. Большие Коты и на Кругобайкальскую железную дорогу. Каждый маршрут плавания на арендуемом судне разрабатывается индивидуально и зависит от интересов и желания туристов. В маршрут, как правило, включается посещение наиболее живописных и значительных географических объектов побережья и памятников природы. Довольно часто туристы-водники, приезжающие издалека, не учитывают сурового нрава озера и его характеристики как одного из самых штормовых озер планеты. Попытки пройти вдоль берега на байдарках, утлых самодельных катамаранах хотя и имеют место, сопряжены с большим риском. Собираясь в такое путешествие, надо обязательно учитывать возможность внезапного шквального ветра, холодную байкальскую воду, в которой человеку невозможно долго продержаться на плаву, своеобразный байкальский берег, имеющий скалистые участки на большом протяжении без мест отстоя и даже прибрежного пляжа.
Наиболее опасными для плавания судов являются центральная часть озера между островами Ольхон и Большой Ушканий и южная часть Малого Моря. В этих районах нередко отмечаются толчея с высотой волн 5,5 м и внезапные порывы сильного ветра.
Лучше всего путешествовать по воде в июле — начале августа, когда стоит устойчивая солнечная погода, водная гладь спокойна и вода в мелководных заливах прогревается до +20, +22°С, в теплых заливах можно купаться и загорать. Приблизительно со второй половины августа на Байкале заметно холодает, шторма происходят чаще и длятся дольше. Купаться в заливах становится холодно, и во время путешествий уже приходится надевать теплые куртки. В конце сентября на берегах начинает интенсивно желтеть лес, достигая разнообразия красок в первых числах октября. В конце навигации (декабрь) возможно обледенение судов и внезапное замерзание мелководных заливов.
Особенностью водных путешествий являются длительное пребывание на судне вдали от берега и возможность высадки только в тех местах, куда может подойти катер. Во время шторма до мест безопасного отстоя судну иногда приходится идти несколько часов. Внезапная перемена погоды порой заставляет встать на отстой на весь день и изменить график движения и маршрут. Важно иметь резерв времени, чтобы не идти при сильном волнении или в густом тумане. Иногда используются комбинированные туры, например с заброской до Малого Моря на автомашине или вертолете и с пересадкой там на катер. Такие программы позволяют сэкономить время и большую часть путешествия проводить в заповедных уголках Северного Байкала.
Стоимость такого тура рассчитывается в каждом случае индивидуально и зависит от выбранного маршрута, транспортной схемы, продолжительности путешествия, типа катера или яхты, количества человек в группе, услуг переводчика, повара, проводника, уровня питания, платы за посещение территорий национальных парков и заповедников, оплаты бань и т. д.
Не рекомендуются водные круизы на небольших катерах в штормовой период - ранней весной и поздней осенью лицам подверженным морской болезни. Даже здоровые люди после недели, проведенной на качающейся палубе, еще несколько дней раскачиваются уже на твердой земле. Перед началом круиза требуйте программу и уточняйте возможность ее выполнения. При комплектовании личных вещей обязательно учитывайте специфику водных путешествий. Когда тепло на берегу, может быть весьма прохладно на воде во время ветра. Возьмите с собой вязаную шапочку и теплую куртку, ветровку, полиэтиленовую плащ-накидку, сменную обувь для катера, для походов по берегу - обувь с подошвой типа «вибрам». На воде активное солнце - пригодятся солнцезащитные очки и шляпа с широкими полями. В сумерках и ночью ~ светодиодный налобный фонарик, легче будет подниматься по трапу в темную ночь от костра. Так как много времени проходит на судне (скорость катера - около 18 км/час), пригодятся ноутбук с DVD-проигрывателем и хорошая книга. Заполняет времяпрепровождение качественная оптика бинокля, карта озера Байкал и путеводитель по его берегам.
Во время пешеходных прогулок в глубь берега в северной части Байкала возможна встреча с медведями. Особенно много их в Байкало-Ленском и Баргузинском заповедниках. Для сопровождения групп во время таких походов надо нанимать проводника с боевым карабином. Весной и в начале лета при длительных пешеходных походах по тайге обязательное условие путешествия - противоэнцефалитная прививка. После выходов на берег, особенно в лес, осматривайте друг друга на предмет возможных клещей, особенно в бухте Змеиной со смешанным лесом, где зафиксированы случаи укуса энцефалитным клещом. При походах в лес заправляйте брюки в ботинки и систематически осматривайте одежду - насекомые, прежде чем укусить, несколько часов ползают по человеку, обычно поднимаются от ботинок вверх по брюкам. На пляжах Байкала практически нет комаров и гнуса (исключение - дельта реки Селенги, где комары крупные и свирепые). Для таежных радиальных походов в глубь побережья лучше заранее позаботиться о защитных средствах.
На побережье, особенно в северной части Байкала, мало населенных пунктов, все необходимое нужно везти с собой. Любителям рыбалки - спиннинги и рыболовные снасти. Для удобства отдыха лучше позаботиться о дополнительной посуде, раскладных стульях, шезлонгах и столиках, чтобы в хорошую погоду обедать на палубе. Не на всех катерах и яхтах есть электропитание 220 В. Для подзарядки аккумуляторов видеокамер и цифровых фотоаппаратов необходим переносной генератор переменного тока. Не забудьте взять с собой лекарства, в том числе средство от солнечных ожогов.
Не оставляйте никаких следов своего пребывания на берегу. Весь мусор уносите на катер, даже если он чужой.