Русские открыли Байкал в 1643 году. Возвращавшиеся из Якутска казаки построили лёгкие гребные суда, переправились через пролив и высадились на Ольхоне, а часть отряда отправилось вокруг озера с целью исследования и постройки нового острога.
Следом было совершено первое длительное плавание по Байкалу вдоль всех его берегов на парусно-гребных судах. Экспедиция дала реальное представление о Байкале, как о водоёме, требующем серьёзных морских судов.
В пятидесятые годы шестнадцатого века мастера из Архангельска, с Белого моря и средней Волги строят на Байкале суда для военных экспедиций: кочи, касовки, дощаники. Год 1660 считается годом окончательного освоения русскими Байкала и Забайкалья. С этого времени начинается плавание с экономическими и политическими целями. Разворачивается хозяйственное освоение территорий, примыкающих к Байкалу. Рыболовный промысел требовал создания специальных типов судов. С середины девятнадцатого века на Байкале использовались двухнабойные лодки, пятигрёбки, сетевые, баркасы или лодки-мореходки. Освоение восточных территорий влекло за собой увеличение перевозок пассажиров и грузов через Байкал. Первый карбас для Байкала был построен в Иркутске в 1684 году. До 1728 года суда строились только на один рейс.
В 1733 году императрица Анна Иоанновна поручила капитан-командору Витусу Берингу, побывать на озере Байкал, чтобы составить подробную «Ведомость местных нужд». Опорным пунктом экспедиции стал Посольский монастырь, от которого Беринг учредил почтовые станы от Байкала «до границы Китайского государства» и установил верстовые столбы. С этого же времени почтовое сообщение, а также перевозки воинских команд, партий ссыльных, казённых грузов через озеро производились на государственных судах, вооружённых пушками и укомплектованных воинскими командами, поскольку по Байкалу ходили пираты и разбойники. Главным предметом грабежа были купеческие суда.
Первый военный бот (парусное судно) был спущен на воду в 1738 году. В 1754 году в Иркутске была открыта Навигацкая школа. Школа занималась подготовкой геодезистов и штурманов, где они изучали и географию, Тогда же была учреждена Охотская морская команда, которая занималась гидрографической съёмкой берегов Байкала, устройством маяков на озере.
С 1754по 1784 года на Байкале были выстроены четыре крупных судна (боты). Эти суда строились на реке Ушаковке, а затем тянулись лошадьми в Лиственичное.
В конце восемнадцатого века в Иркутске начинается сооружение галиотов. Эти суда имели две мачты. Галиот «Николай» в своё первое плавание потерпел бедствие – на траверсе Голоустного при налетевшем северо-западном ветре черпанул воду бортом и опрокинулся.
Строившиеся иркутским адмиралтейством суда часто терпели крушения и быстро приходили в негодность. Главной причиной этого было то, что чертежи ботов и галиотов присылались из Петербурга и создавались по образцу морских судов. Построенные по этим чертежам суда были мало пригодны по плаванию по Байкалу – нужны были суда «не приспособленные», а специальной, байкальской конструкции.
Суда частных владельцев дощаники были хорошо приспособлены к местным условиям плавания. Ими доставляли соль, вино, провиант для жителей Забайкалья. К 1839 году на Байкале был создан совершенно новый тип судна, главная его особенность – плоское дно, а для устойчивости при сильном ветре очень простой парус. В бурю такому небольшому судну легче укрыться в одной из многочисленных бухт. Суда эти ходили только при попутном ветре, если же ветер становился встречным, то корабли старались попасть в какой-нибудь залив на отстой, где ожидали благоприятного ветра, или ставили руль прямо и отдавались на волю волн, пока судно не выносило на такую глубину, где можно было бросить якорь. При попутном ветре суда переходили Байкал до Посольского берега за 12 – 15 часов, а до устья Селенги за 15 – 20 часов.
Паровое судно появилось на Байкале в 1843 году – первый пароход «Император Николай 2» мощностью в 32 л.с. был спущен на воду. Наряду с паровой машиной на нём были установлены паруса, которыми пользовались при попутном ветре для увеличения скорости.
Котлы и механизмы для первых байкальских пароходов приходилось доставлять зимой через всю Сибирь с Урала гужевым путём. В 1848 году на Ангаре, неподалёку от Братска, начал действовать Николаевский железоделательный завод. Здесь изготовляли судовые механизмы, а затем металлические корпуса судов.
С появлением пароходов прекратилось строительство парусных судов.
17 августа 1885 года было утверждено Положение Комитета Министерств об организации буксирного пароходства на Ангаре. В 1905 году на озере Байкал были построены первые суда – паром «Байкал» и ледокол «Ангара» для обеспечения сквозногодвижения по Транссибирской магистрали.
Советская история судоходства началась с 1918 года, когда был принят Декрет о национализации флота. В 30-е годы речники Восточно-Сибирского пароходства осуществили большую программу по созданию иркутских и усольских судоремонтных мастерских и судоверфи в посёлке Листвянка. В этот же период строятся пристани: Иркутск, Улан - Уде и порт Байкал. В эти же годы начались перевозки для Монголии по рекам: Селенга, Орхон, озеру Косогол (Хубсугул), был построен специальный флот для заграничных перевозок.
В послевоенные годы продолжались работы по созданию нового и перевооружения действующего флота, по строительству береговых сооружений. Строительство гидроузлов на Ангаре создало глубоководные пути на Братском, Иркутском, Илимском водохранилищах, что позволило использовать крупнотоннажный современный флот. В 1966 году был построен порт Братск, прошла реконструкция Иркутской РЭБ флота и судоверфи, построены порт Свирск, пристань Усть – Уда и Балаганск.
Пароходство всегда было лидером в доставке грузов на Север. За короткое время было построено 6 теплоходов, 15 барж грузоподъёмностью 1300 тонн. С началом строительстваБайкало-Амурской магистрали судами порта Байкал для БАМа было перевезено свыше 840000 тонн грузов. Важным этапом в техническом оснащении и перевооружении флота были 60 – 70-е годы, когда полностью был заменен паровой флот на теплоходы. Принципиально новым стал пассажирский флот: появились теплоходы «Комета», «Восход», «Баргузин».